黄土店站（Huangtudian Railway Station）是北京市郊铁路S2线上的一座车站，位于北京市昌平区回龙观镇黄土店村西三旗街道，客场位于霍营街道，货场位于回龙观街道黄土店村。

黄土店站，隶属于中国铁路北京局集团有限公司通州车务段管辖，始建于1966年，现为客货运四等站。

黄土店站，是市郊铁路S2线和原市郊铁路S5线（怀柔－密云）的起始站，距上行站北京东站13公里，距下行站沙河站3公里。自2020年9月30日起，S5线（怀柔—密云）的起始站改为北京北站。

黄土店站，分为货场和客场，其中货场位于位于回龙观街道黄土店村，黄土店站站名因此得来；客场位于霍营街道，原为响应北京北站改造而为S2线建设的临时始发站场，在北京市郊铁路规划调整后，计划通过改造建设成为正式车站，并引入北京市郊铁路东北环线。

1960年1月，为沟通京张铁路以及京通铁路（现京哈铁路北京至通州段），实现京张铁路列车进入新投入使用的北京站的计划，北京铁路东北环线动工建设，黄土店站作为东北环线上的车站，于1966年启动建设，同年通车启用。

由于京张城际铁路引入北京北站，北京北站需停运改造，黄土店站于2016年6月至11月在黄土店站啤酒厂专用线北侧新建客运站台两座，到发线两条，天桥1座，新建候车室。2016年11月1日早，黄土店客场作为北京市郊铁路S2线各班列车的临时始发终到站正式启用。负责黄土店站旅客业务的大部分工作人员系原清华园站的员工，在2016年10月31日清华园站关闭后调配至该站。在黄土店站客场建设过程中，同步建设了连接地铁霍营站G4出入口的临时道路，方便地铁乘客转乘S2线。

【客运业务】：办理旅客乘降，不办理行李、包裹托运

【货运业务】：办理整车、零担货物发到